Réseau SETMAR : projet pRESAGE

Projet en collaboration avec Dr Charles Esnaud (Université de Tours, EA – QCM)
et Pr Jean-François Pilard (Université du Maine, UMR6283 - QCM).

Le projet pRESAGE étudie la manière dont SETMAR intéragit et agit sur le génome humain via une approche originale développée au sein de l'équipe IGC par un post-doctorant. Il s’agit de cartographier les sites de haute affinité permettant la fixation de SETMAR, d’identifier les gènes localisés à proximité de ces sites et susceptibles d’être dérégulés dans les GBMs (glioblastomes multiformes).

Quatre variants SETMAR (issus d’épissage alternatif et d’ATG alternatif) sont présents dans les GBMs. Ces variants ont une caractéristique commune : ils portent tous le domaine MAR, issu du gène codant la transposase d’HsMar1, ce qui les rend apte à se lier aux IR d’HsMar1 distribués dans le génome humain. Pour comprendre comment ces variants agissent et interagissent avec le génome, l'équipe propose d’identifier les IR de haute affinité par une approche innovante : la microbalance à cristal de quartz (QCM).

Un ADN double brin est fixé par une de ces extrémités à la surface d’un cristal de quartz. Lorsqu’une protéine se fixe sur cet ADN, elle modifie la fréquence de vibration du cristal. Cette modification peut être enregistrée et permet de mesurer différentes constantes biochimiques : constante d’association, de dissociation, d’équilibre ...

Les variants SETMAR recombinants sont produits en système levure et purifiés. Les 11 000 IR dont la taille n’a pas été modifiée au cours de l’évolution sont classés en 10 familles de séquences homologues. Pour chaque famille, un IR consensus est synthétisé et fixé à la surface des cristaux de quartz, pour mesurer les constantes biochimiques de chaque variant. L’objectif est d’obtenir une matrice qui associe à chaque séquence une constante d’affinité, et ce, pour chaque variant.

Les résultats ainsi obtenus sont confrontés à une approche biochimique, validant par ChIP la séquence des IR de haute affinité.

Les matrices de résultats sont mises dans un contexte génomique, pour produire une carte du génome humain dans laquelle les IR de haute affinité sont positionnés à leurs loci respectifs et les gènes voisins identifiés. L’objectif est d’identifier les gènes impliqués dans le cycle cellulaire, le développement ou tout autre processus pouvant être associé à l’oncogenèse. Ces gènes seront ensuite retenus et étudiés comme gènes-cibles potentiels.

A terme, la confrontation des deux approches (QCM versus ChIP) ouvrira des possibilités d’analyse dynamique. En effet, la QCM produit une liste « exhaustive » des IR de haute affinité, alors que le ChIP donne une image des IR réellement utilisés dans une cellule et à un moment donné. Les IR utilisés dans des cellules correspondant à différents états physio-pathologiques, mimant la biogenèse des tumeurs seront ensuite comparés.